2001年12月，新竹科學園區的思源科技股份有限公司的幾位主要創辦人為了回饋社會，並希望為深耕台灣科技的基礎教育盡一份棉薄之力，成立「財團法人思源科技教育基金會」。並敦聘在教育界任職逾40年之久的前清華大學校長劉炯朗教授擔任基金會第一任董事長。
2002年 ，基金會開始舉辦「思源科學創意大賽」，由高中生組隊參加，活動引導參賽學子透過動手實作的過程，領略科學的趣味性、體驗科學學習平易近人的一面，進而喚起對科學的興趣，同時培養團隊合作，發揮創意及解決問題的能力。
2003年，開始舉辦「高中基礎科學教學研習會」，推動優良教案及教學方法的觀摩，期望透過教師教學專業的提升，擴大受惠的學生數。基金會並開始與工業局合作開辦「積體電路佈局設計人才培訓班」，培養專業IC Layout工程師，結訓後並協助推薦優秀學員給業界。

2004年，第二屆董事會選出交通大學電機學院院長吳重雨教授(2007年任交大校長)擔任董事長，當年並設立「思源EDA獎勵金」，鼓勵EDA領域學子踴躍出國發表論文參與競賽，提升視野及競爭力。2005年起基金會開始舉辦思源E-teaching：「金獅獎優良教案徵選」活動，提倡E化教學，並於2005年舉辦第一屆佈局設計研討會，邀請資深業界及學界講師前來分享討論，提升佈局從業人員專業能力。 

2007年，基金會第三屆董事會由清華大學創意中心主任蔡仁松教授擔任董事長，繼續致力於高中基礎科學教育之提升。
2009年，開始推動「思源宅急便」活動，結合學科中心及各單位之科教資源，並宅配到各高中，促進城鄉科教資源之平衡。

2010年，基金會第四屆董事會由交大電機系系主任蘇朝琴教授擔任董事長，帶領基金會持續科學教育往下紮根之工作。
2010年，思源EDA獎勵金完成階段性任務退場，歷年總計發出新台幣五百多萬獎學金。2012年基金會開辦最後一屆佈局設計人才培訓課程，由於課程安排切合職場實際需求，歷屆結訓學員就業率達90%-100%，總計基金會開辦十二梯次課程為業界培訓出兩百多位佈局設計工程師。
2013年，基金會舉辦最後一屆思源科學創意大賽，經蘇朝琴董事長積極協調由交大思源基金會接手續辦，將活動發揚光大。

2013年，第五屆董事會由前思源科技股份有限公司董事長呂茂田擔任董事長，積極思考未來方向，並改名「財團法人種子教育基金會」，未來將致力於推廣”科技、人文、創新”相關人才之種子培育工作。
2015年，積極進行「健康上網」專案推廣，建構「健康上網每一天」議題入口網站並舉辦「健康上網每一天百萬Slogan徵選」活動，促進社會大眾對健康上網議題的覺知，認識並警覺科技網路帶來的種種問題與挑戰。

2016年，第六屆董事會由前思源科技執行副總鄧強生擔任董事長，持續健康上網理念倡導，以寓教於樂的說故事方式，深入校園直接面對兒童發揮影響力。啟動程式教育扎根專案，培訓種子老師進入國小校園，開辦程式設計課程，培養解決問題能力並啟發創造力。

2020年，第七屆董事會由合拓投資董事長王峯根擔任董事長，持續基金會在健康上網領域的投入，擴大辦理健康上網校園說故事活動，並啟動與伙伴學校長期合作的程式種子計畫，推廣程式教育同時培養學校老師成為程式種子老師。